在蒙古人的劲敌金朝灭亡后，由于西面对欧洲的战事还没有平定，于是将主力立即撤往西面战场，从而使得南宋的北方出现了军队真空的现象。这时的南宋皇帝立即派出军队企图收复北宋时期的河山，但是当时的北方经过金朝和蒙古人多番洗劫，已经没有任何价值的存在，甚至当时北宋最繁华的汴京和洛阳也都是空无一人，如同死城一般。
而蒙古人为了阻挡南宋收复失地，故意将黄河的河口挖开，让汹涌的黄河水淹死了大量的南宋士兵。又派遣蒙古军队对南宋军队发动进攻，使得北伐的宋军损失惨重，迫使南宋政权的战略转变，从全面进攻转变为全面防守。
而在后来，蒙古帝王窝阔台发动了对西欧的征战，同时向东面发动了对南宋的征战。他命令伐宋大军分兵两路，一路进攻江南地区，一路进攻四川地区。但是窝阔台万万没想到的是，南宋的军队竟然十分顽强，使得蒙古军队 年在南宋的进攻没有任何进展，在第二年才攻破个别几个战略要地。而后来南宋军队将蒙古军队彻底击溃，破碎了蒙古军南渡长江的计划。
在后来双方展开了时间较长的拉锯战，双方都伤亡惨重，难分输赢。后来进攻江南的蒙古军队遭到了彻底战败，而第二年进攻四川的蒙古军队也同样遭受惨败，在这段时间里，蒙古的大汗窝阔台也病死，使得蒙古军队撤退，这也是蒙古人对其他国家的 次军事失败。
在之后的十年时间里，由于蒙古内部争夺继承人，使得南宋朝廷得到了修身养息的机会，直到年拖雷的儿子蒙哥确立了蒙古帝王的位置，从而发动了第二次进攻南宋的计划。他率先命令自己的弟弟忽必烈率领10万大军进攻云南大理，彻底占领了云南地区，完成了蒙古对南宋朝廷的地理上的包围，这使得蒙哥欣喜若狂，于是他再次发动了浩大的征讨南宋的军事行动，他将部队分成三路，自己亲自指挥中路部队，军队从四川进入，目的是攻占重庆地区。
但是蒙哥的中路军在钓鱼城附近和宋军进行了几年时间的相持，在一次进攻中，蒙哥被守城的将领用石头所击中，不久后病死在蒙古军营中。这标志着激烈的蒙古大汗继承人之战又一次开始了，忽必烈在得知这个消息后，立马准备撤军争夺汗位，于是和南宋丞相贾似道签订议和消息，第二次蒙宋战争也以蒙古人的失败告终。
忽必烈回去后就和自己的弟弟阿里不哥展开了汗位争夺战，在五年之后才确定了自己大汗的地位。这五年时间本来是南宋朝廷可以进行军事反击，但是由于奸臣贾似道的不作为，使得南宋不仅不集中力量进攻元朝，反而使朝廷更加醉生梦死。于是在忽必烈再一次率领大军对宋朝展开了第三次进攻。
这一次，蒙古人先是将襄阳和樊城军事重镇攻占，使得南宋的屏障被彻底占领，在之后的十年时间了，蒙古人将南宋朝廷彻底灭亡。蒙古人灭亡金朝仅仅用了不到30年的时间，而之后的满清灭亡南明也只用了20年时期，而南宋对抗蒙古人却花费了整整半个世纪时间，期间还耗死了两位蒙古帝王，可以说南宋是“上帝之鞭”蒙古征服各国中花费时间最长最感到头疼的对手了。
